通常在做純化前對目標(biāo)物質(zhì)特性了解越多對純化越有利，如果不很了解，也可以通過電泳知道目標(biāo)物質(zhì)和雜質(zhì)的情況，在純化前要建立一種簡單可靠的鑒定和活性測定方法，如果是未知的物質(zhì)，那么按以下幾種簡單的摸索：
1. 離子交換色譜很常用，但是樣品必須沒有高濃度的鹽。
2. 凝膠過濾色譜，這個方法很常用。
3. 疏水色譜也是不錯的選擇，它分離效率高，上樣量大，特別適合分離鹽析沉淀的樣品。
4. 親和色譜是最有效的手段，關(guān)鍵要了解目標(biāo)物質(zhì)的特性以便選擇合適的親和色譜填料。
5. 最后可以選擇瓊脂糖凝膠HP系列填料進(jìn)行精細(xì)分離。
純化硫酸銨沉淀樣品
硫酸銨沉淀是很常用的初分離的手段，這樣沉淀后的樣品可直接用苯基瓊脂糖凝膠FF或者是丁基瓊脂糖凝膠FF分離，不用除鹽，非常方便。疏水色譜已經(jīng)得到大規(guī)模的推廣和應(yīng)用，是很好的純化的手段。此外疏水色譜也可以用于天然產(chǎn)物的分離純化，包括多肽、色素等各種物質(zhì)的分離純化，它的分離原理和反相色譜，但是不同于硅膠色譜填料的是它對樣品幾乎沒有死吸附，所以回收率高。
糖蛋白的純化
偶聯(lián)凝集素的瓊脂糖凝膠FF可以分離各種糖蛋白，例如Con A 瓊脂糖凝膠 FF可以純化糖基化的蛋白，或者膜組分，甚至細(xì)胞等物質(zhì)。此外硼酸瓊脂糖凝膠FF也用來分離各種多糖和糖蛋白，其原理是苯硼酸類似于凝集素可以和各種糖基上的鄰二羥基發(fā)生親和作用，通過降低pH或者競爭洗脫的方法就可以純化各種糖和糖蛋白。
膜蛋白分離
膜蛋白相對有比較強(qiáng)的疏水性，可以用苯基或丁基填料做疏水色譜分離，如果是有糖基結(jié)構(gòu)或者受體等，也可以用親和色譜的方法。沒有現(xiàn)成的親和填料可以用活化好的填料去合成，還可以結(jié)合離子交換和凝膠過濾等色譜手段進(jìn)一步純化。
純化抗體和抗原
重組蛋白A瓊脂糖凝膠FF可以用于分離純化各種來源的抗體，包括抗血清、培養(yǎng)液以及腹水等樣品。蛋白A可以特異吸附IgG的Fc區(qū)，所以它也適合分離酶解后的Fc片段，把Fab片段和Fc段分離。同時蛋白A瓊脂糖凝膠FF也可用于血清中IgG的分離，得到不含抗體的血清，重組蛋白A瓊脂糖凝膠FF有很好的穩(wěn)定性，能耐受37度3-5天而對柱子的性能沒有影響，是分離IgG的最佳選擇。
疏水色譜色譜填料苯基瓊脂糖凝膠FF、DEAE-瓊脂糖凝膠 FF和球形羥基磷灰石FF也常用于抗體的分離，只是特異性不如重組蛋白A瓊脂糖凝膠FF好。但是適用范圍廣，除純化IgG外還可用于IgM、IgA和IgY的純化,其條件溫和，活性高，成本低，因此也不是不錯的選擇。
純化抗體或抗原最有效的辦法是免疫親和，具體的方法是把抗原或抗體直接偶聯(lián)到各種活化填料上，然后直接高pH吸附，低pH洗脫就可以得到需要相應(yīng)的抗原或抗體。
對于特異而高親和力的抗體篩選，特別是小分子的半抗原，建議可以把半抗原偶聯(lián)到環(huán)氧活化填料，把只和抗原結(jié)合的抗體分離，得到高親和力的抗體，非常方便和實用，此外也可以選擇NH2- 瓊脂糖凝膠 FF、HOOC-瓊脂糖凝膠 FF或NHS活化瓊脂糖凝膠 FF偶聯(lián)半抗原，特別是對那些不適合用環(huán)氧活化瓊脂糖凝膠FF偶聯(lián)的半抗原。還可以選擇醛基活化的填料（Aldehyde-Resin HP FF），它可以在中性條件下偶聯(lián)帶氨基及巰基物質(zhì)或者CNBr 活化瓊脂糖凝膠 FF,它們偶聯(lián)效率高，條件溫和，更適合連接抗體。如果要偶聯(lián)的是小分子的物質(zhì)，這些新型的填料避免由于蛋白彼此的位阻以及它和填料直接的位阻從而達(dá)到偶聯(lián)同樣配基密度而得到更高的載量，同時顆粒更小，表面積大，分離效果更好。對于帶巰基的抗原也可以選擇巰基活化瓊脂糖凝膠去偶聯(lián)，這樣更容易保持抗原的活性。
IgA 、IgM和IgY可用吡啶瓊脂糖凝膠FF、苯基填料或親和的方法把它們和雜蛋白分離。如果是免疫血清也可以直接過藍(lán)色瓊脂糖凝膠FF或者鎳瓊脂糖凝膠FF去除白蛋白，得到純度不錯的抗體，這樣應(yīng)用范圍廣，方便，比普通的沉淀方法快，收率高。此外也可以選擇高分辨率的填料。
純化重組蛋白
重組蛋白構(gòu)建已經(jīng)考慮到純化的問題，大大簡化了純化的步驟，但還是會遇到些實際的問題，所以需要詳細(xì)閱讀使用說明和注意事項。
一、HIS標(biāo)簽重組蛋白可以很方便用鎳瓊脂糖凝膠FF或鎳NTA瓊脂糖凝膠FF分離，填料已經(jīng)螯合好了鎳離子，使用非常方便，有更高的吸附載量，特異性更強(qiáng)，可以選擇多種洗脫方式，是純化這類融合蛋白的最佳工具，也可以選擇HP級別高分辨率的填料。最簡單的是選擇HIS純化Kit,更方便簡單.此外還提供經(jīng)濟(jì)型Ni-Resin HP填料，特別適合離心操作。
二、GST融合蛋白在表達(dá)時同時表達(dá)了谷胱甘肽s轉(zhuǎn)酶，很方便用GST瓊脂糖凝膠FF分離，然后再用腸激酶或凝血酶等酶解就得到表達(dá)的產(chǎn)物。當(dāng)然也可以選擇GST純化Kit，更方便簡單。而凝血酶可以用肝素瓊脂糖凝膠FF或苯甲脒瓊脂糖凝膠FF分離。此外還提供經(jīng)濟(jì)型GST-Resin HP填料，特別適合離心操作。
三、蛋白a融合蛋白可以用IgG瓊脂糖凝膠FF分離。
包涵體蛋白的色譜復(fù)性
離子交換和疏水色譜都在包涵體復(fù)性中有很好的效果，金屬螯合色譜填料等親和色譜填料也常用于帶HIS標(biāo)簽融合蛋白的色譜復(fù)性。其中鎳NTA瓊脂糖凝膠FF更適合柱上復(fù)性，因為它可以耐受強(qiáng)的還原劑
疫苗的純化
疫苗可以用瓊脂糖凝膠6BFF或瓊脂糖凝膠4BFF純化。
DNA疫苗的純化
本公司開發(fā)了成套臨床級別DNA疫苗純化填料和工藝，提取后經(jīng)硫酸銨沉淀，過瓊脂糖凝膠6BFF可以去除RNA和蛋白，再用DNA純化瓊脂糖凝膠FF得到超螺旋DNA大于90%樣品，載量3mg/ml左右,最后用去內(nèi)毒素色譜填料去除內(nèi)毒素就可做到臨床級別的DNA疫苗，工藝簡單，成熟，成本低，效率高.
球型羥基磷灰石FF也可以純化DNA疫苗.
磷酸化蛋白和肽純化
金屬螯合瓊脂糖凝膠FF螯合鐵或鎵離子，可以特異吸附磷酸化的肽和蛋白，所以是分離這類物質(zhì)最好的工具。
血清白蛋白去除
藍(lán)色瓊脂糖凝膠FF可以用于分離各種激酶或依賴核苷酸為輔酶的酶，它很特異和白蛋白結(jié)合，所以用它去除樣品中的血清蛋白的干擾，使樣品更好純化。PH4.5左右lml填料可以去除0.3ml血漿中的白蛋白，載量為16-20mg/ml。
用鎳瓊脂糖凝膠FF也可以和白蛋白結(jié)合，載量為16mg/ml。
多肽純化
配合離子交換和瓊葡糖凝膠G25系列，可以純化各種多肽，也可以用苯基瓊脂糖凝膠，這樣粗分后再用HPLC去制備，可以增加上樣量，提高效率，減輕HPLC負(fù)擔(dān)。此外可以選擇Resin 30HP這系列的填料，載量高，分離效果好。
病毒純化
用DEAE或Q瓊脂糖凝膠FF富集和分離后再上瓊脂糖凝膠6BFF可以得到純的病毒，當(dāng)然也可以先過瓊脂糖凝膠6BFF再過DEAE或Q瓊脂糖凝膠FF，這樣得到的病毒滴度更高。
DNA純化
大提完的質(zhì)�？梢赃^瓊脂糖凝膠６B FF，去鹽和RNA及蛋白。非常方便，而且能重復(fù)使用。比普通試劑盒效果好，如果配合RNA酶或硫酸銨沉淀，效果更好。
DNA結(jié)合蛋白的純化
用DNA瓊脂糖凝膠可以專門純化和DNA結(jié)合的蛋白，也可以用肝素瓊脂糖凝膠去純化。
帶巰基的物質(zhì)的的純化
用巰基活化瓊脂糖凝膠可以很好共價吸附，洗去雜質(zhì)后再用DTT可以很方便把這類物質(zhì)洗脫，它也可以用于固定各種巰基物質(zhì)合成親和填料。
脫鹽或交換緩沖液
病毒、DNA疫苗或質(zhì)�？梢杂铆傊悄z6BFF除鹽或交換緩沖液，蛋白、抗體等可以用瓊葡糖凝膠G15FF或葡聚糖凝膠G25快速去鹽和交換緩沖液，前者適合分子量大于3000以上物質(zhì)的，應(yīng)用范圍比普通的sephadex G25更廣。本公司開發(fā)一種標(biāo)記鹽的指示劑，在除鹽樣品中添加1%左右，可以看到鹽部分的紅色顏色，這樣不需要測電導(dǎo)，也不需要專門的機(jī)器就只收集沒有顏色的部分就可以除鹽，非常方便，快捷。我們提供各種除鹽用的預(yù)裝柱。
在位消毒和清洗
在位消毒和清洗對色譜填料應(yīng)用和保養(yǎng)是非常重要的，其中在位消毒可以將病原微生物的污染降低到最低水平，通常用0.5-1M NaOH以合適的流速消毒1-2個小時，在位清洗是清除填料或柱子中的沉淀及未洗凈物質(zhì)，一般填料用10次后至少需要做1次這樣的操作，具體操作和位消毒一樣，做在位清洗或消毒都可以互相代替，無須做兩步都做。具體方法為：
1． 離子交換，凝膠過濾，疏水色譜填料可以用1M以NaOH以30cm/h反向沖洗3-5個柱床體積，然后再用3-5個柱床體積的平衡緩沖液再生即可。
2． 去除疏水性強(qiáng)的雜質(zhì)一般方法是先用純水洗3個柱床體積，然后再用70%的乙醇或30%的異丙醇含0.5%的Triton或吐溫洗5-10個柱床體積，然后用純水洗3-5個柱床體積即可。對于離子交換柱子上吸附的色素可以用0.2-0.5M醋酸洗3-5個柱床體積。
線流速和流速換算
不同規(guī)格的柱子通常流速（ml/min）很難比較，一般需要換算成線流速再做比較，計算公式為：線流速=流速（ml/min）x60/柱子半徑(cm)平方x圓周率（π）
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